Ngày 25/4/2006, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ban hành Quyết định số 14/2006/QĐ-BGDĐT quy định về tổ chức và hoạt động thanh tra trong cơ sở giáo dục đại học, trường trung cấp chuyên nghiệp. Chấp hành Chỉ thị trên, ngày 17/5/2006 Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh ra Quyết định số 499/QĐ-ĐHSP-TCHC về việc thành lập Ban Thanh tra đào tạo Trường Đại học Sư phạm Thành phố Hồ Chí Minh. Ngày 18/10/2006, Trường đã ban hành Quyết định số 1209/QĐ-ĐHSP-TCHC quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Thanh tra đào tạo (Ban TTĐT).

Nhân sự của Ban TTĐT lúc đầu là 3 thành viên, đồng chí Trần Quốc Hà (nguyên ThS, GVC., CBGD Khoa Vật lý) làm Trưởng ban, 2 chuyên viên là CN. Phạm Trần Hoàng Hùng và CN. Huỳnh Thị Thái Hòa. Là một đơn vị mới thành lập và là một tổ chức mới trong Trường, thời gian đầu hoạt động của Ban gặp nhiều khó khăn. Ban TTĐT đã tập trung bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra, tìm hiểu tình hình nhà trường, học tập kinh nghiệm làm việc ở các trường đại học khác nhằm tìm ra phương hướng cho công tác của mình. Năm 2007, Đoàn công tác của Bộ vào làm việc với Trường đã có nhận xét rằng Trường đã thành lập tổ chức thanh tra kịp thời, ban TTĐT trường có phương hướng hoạt động phù hợp và đề nghị Trường nên đổi từ “Ban” lên “Phòng”. Vì vậy, ngày 22/11/2007, Trường đã ban hành Quyết định số 1437/QĐ-ĐHSP-TCHC đổi tên Ban Thanh tra đào tạo thành Phòng Thanh tra đào tạo. Cũng từ thời gian đó, công việc của Phòng đã đi vào nề nếp. Cho đến nay, nhân sự của Phòng đã ổn định với 4 thành viên (Trưởng phòng: TS. Trần Quốc Hà, 3 chuyên viên: CN. Huỳnh Thị Thái Hòa, CN. Lữ Thành Trung và CN. Lý Quốc Bình).